Time

Event

Activity

08:30 - 10:00	EBB	Courses 1 , 2 , 3
10:00 - 10:30	EBB	Coffee break and posters
10:30 - 12:00	EBB	Courses 1 , 2 , 3
12:00 - 14:00	-	Lunch time (no activities)
14:00 - 15:00	EBB	Lecture 3 Prof. Dr. Sérgio Lifschitz
15:00 - 16:30	EBB	Courses 4 , 5 , 6
16:30 - 17:00	EBB	Coffee break and posters
17:00 - 18:30	EBB	4, 5 , 6
19:00	EBB	Confraternization

EBB Lectures:

Lecture 1
"A Dor e a Santidade. O Caso da Tuberculose"

Prof. Dr. Diógenes Santiago Santos -

Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em Tuberculose, TECNOPUC-PUCRS

Lecture 2

"A evolução como uma visão revolucionária do mundo"

Prof. Dr. Francisco Mauro Salzano

Departamento de Genética - UFRGS

Lecture 3
"Bancos de Dados Biológicos"

Prof. Dr. Sérgio Lifschitz

Departamento de Informática - PUC-Rio

EBB Courses:

Minicurso 1
                Introdução a Docagem Molecular
Instrutores
                Osmar Norberto de Souza e Elisa Cohen
Ementa:
             Introdução ao reconhecimento molecular. Docagem molecular. Interação receptor-ligante. Banco de dados de macromoléculas (receptores). Banco de Dados de pequenas moléculas (ligantes). O software AutoDock para docagem molecular. Realizando docagem molecular com o Autodock. Análise e interpretação dos resultados de docagem molecular.

Minicurso 2
               Mineração de Dados em Bioinformática
Instrutores
               Duncan D. A. Ruiz, Ana T. Winck e Karina S. Machado
Ementa:
              Introdução a mineração de dados. Principais aplicações de mineração de dados em bioinformática. Preparação de dados para mineração. O software WEKA para mineração de dados. Técnicas de mineração de dados: Classificação, Associação e Agrupamento. Realizando experimentos de mineração de dados com o WEKA. Análise e interpretação dos resultados.

Minicurso 3
                Alinhamento de Seqüências e Filogenética
Instrutores
                Eduardo Eizirik e Taran Grant
Ementa:
             Introdução aos conceitos básicos de homologia, ancestralidade e divergência, e sua aplicação a seqüências moleculares. Alinhamento de seqüências de nucleotídeos e aminoácidos, e sua relevância para estudos evolutivos, genômicos e funcionais. Noções gerais de métodos utilizados em análises de filogenia molecular, incluindo máxima parcimônia, máxima verossimilhança, distância e inferência Bayesiana. Avaliação prática de algoritmos empregados em filogenia molecular, ilustrando suas características e aplicações.

Minicurso 4
                Análise de Redes de Expressão Gênica
Instrutores
                Mauro A. Castro, José Luiz Rybarczyk, e Rodrigo J. Dalmolin
Ementa:
               Introdução a análise e construção de redes de interação protéica. Banco de dados de interações protéicas. Banco de Dados de expressão gênica. Softwares para construção de redes (Pajek, Medusa e BioLayout). Softwares para análise funcional (ViaComplex, GNATT). Análise e interpretação de transcriptomas.

Minicurso 5
                Processamento da Linguagem Natural Aplicado a Bioinformática
Instrutores
                Caroline Gasperin, Rodrigo Rafael Villareal Goulart, Vera Strube de Lima e Renata Vieira
Ementa:
             Introdução ao processamento da linguagem natural (PLN). Introdução sobre os cenários em que PLN pode contribuir à pesquisa biomédica. Ontologias relacionadas à área biológica. Extração de informação de textos biomédicos. Reconhecimento de entidades nomeadas. Normalização de entidades nomeadas. Extração de relações e eventos entre entidades. Geração de hipóteses. Demonstração de softwares relacionados.

Minicurso 6
                Modelagem e Dinâmica Molecular
Instrutores
                Hermes Luís Neubauer de Amorim e Paulo Augusto Netz
Ementa:
             Modelagem molecular, noções gerais. Mecânica molecular: minimização de energia, esquemas de minimização de energia: steepest descent, gradientes conjugados. Fundamentos da simulação de dinâmica molecular: trajetórias no espaço de fases, sistemas dinâmicos, observáveis, condições periódicas de contorno, ensembles NPT, NVT, campos de força. Simulação de complexos. Métodos de cálculo de cargas atômicas. Estimando a afinidade entre ligante e receptor. Preparando e rodando uma simulação de dinâmica molecular de um complexo proteína-fármaco utilizando o pacote de programas Gromacs. Análise das simulações, observáveis dinâmicos e estáticos. Visualização e cálculo de propriedades estruturais e termodinâmicas.